Hovedavtalens §6 sier at partene i den enkelte virksomhet skal inngå en avtale om medbestemmelse som er tilpasset virksomhetens og de ansattes behov. Siden alle virksomheter er forskjellige er det behov for å bli enige om hvordan de mer generelle bestemmelsene i hovedavtalen skal praktiseres i virksomheten.
Tilpasningsavtalen skal si noe om hvor og på hvilken måte medbestemmelsen skal foregå. I mange tilfeller delegeres medbestemmelse til driftsenhets- og arbeidsområdenivåene der dette finnes for saker som angår disse områdene. Det bør også enes om rutiner for informasjonsflyt.
Tilpasningsvtalen regulerer også forholdet mellom det lovregulerte AMU og det avtalebaserte medbestemmelsesapparatet.